Osmanlı Donanması, devasa denizlere yayılan operasyonlarını yürütürken gizliliği elden bırakmazdı. Bunu sağlamak için de farklı şifreleme yöntemleri kullanırlardı. Özellikle kaptan-ı deryalar, tersane yöneticileri ve donanma komutanları arasında geçen yazışmalarda bilgi sızarsa işler tepetaklak olabilirdi. O yüzden mektuplar, sadece metnin düzeniyle değil, sembolik anlatımlarla da korunurdu. Donanma içinde en çok başvurulan yöntemlerden biri anahtar kelime şifrelemesiydi. Bu yöntemde, mektubun içine belli bir kelime ya da sayı dizisi serpiştiriliyor, asıl mesaj da bu kelimelerin arasına gizleniyordu. Mektubu alan kişi, önceden verilen anahtara bakarak gerçek mesaja ulaşabiliyordu. Özellikle sefer sırasında acil emirler böyle iletilirdi; hızlı, pratik ve güvenli. Bir başka sık kullanılan teknik, harf kaydırma yani substitüsyondu. Mektuptaki bazı harfler, önceden belirlenmiş kurala göre bir ya da birkaç basamak kaydırılarak yazılırdı. Mesela “A” harfi yerine “C” gelir, “M” harfi “P” olurdu. Deniz şartlarında bu yöntem hem kolayca uygulanır hem de hız kazandırırdı. Donanma kâtipleri bu şifreyi çözmekte ustaydı. Bazen de, şifreli kelime listeleri hazırlanırdı. Askeri terimler, liman isimleri veya gemi hareketleri için özel kodlar belirlenirdi. Mesela bir liman “nar,” bir savaş durumu “kış rüzgârı” olarak kodlanırdı. Böylece mektuplar düşmanın eline geçse bile, gerçek anlamı çözmeleri neredeyse imkânsız olurdu. Donanma komutanları bir de işin içine çift katmanlı anlamlar katardı. Dışarıdan bakınca sıradan bir sivil yazışma gibi dururdu ama aslında sembolik ifadelerle askeri bir plan anlatılırdı. Bu teknik, özellikle Akdeniz’deki hassas diplomatik seferlerde işlerine çok yaradı. Kısacası, Osmanlı Donanması bu yöntemlerle haberleşmenin güvenliğini sağladı. Devletin denizlerdeki operasyonlarını gizli tutmakta büyük rol oynadılar. Şifreli mektuplar sadece birer iletişim aracı değildi; aynı zamanda dönemin stratejik düşünce biçimini de gözler önüne seriyordu.
osmanlı donanma amiralleri arasındaki yazışmalar hakkında bilgi edinmek için tıklayınız.